Tutti gli atti prodotti dalla Pubblica Amministrazione, o ricevuti dalla Pubblica Amministrazione, vengono protocollati e, dopo la trattazione, archiviati secondo criteri ben precisi restando perennemente nella "memoria" dell'Ente, a disposizione tanto dell'Ente stesso quanto dei privati cittadini.
Il protocollo e' il principale strumento delle Pubbliche Amministrazioni per garantire la trasparenza del proprio operato attraverso la corretta gestione dei flussi documentali e la realizzazione di una idonea struttura d'archivio.
Regola le procedure dalla nascita, segnando il momento esatto dell'ingresso della documentazione nella memoria dell'Ente, segue l'iter del documento nella fase corrente e ne assicura una corretta archiviazione.
Il protocollo ha infatti il compito di organizzare la memoria dell'Ente attraverso le attestazioni per ogni singolo atto in partenza ed in arrivo di un numero progressivo, dell'indicazione cronologica del soggetto interlocutore e dell'oggetto.
Stabilisce inoltre i criteri di distribuzione degli atti nei singoli uffici, crea la struttura delle pratiche e dei fascicoli e realizza tutta l'organizzazione dell'archivio. E' la guida sia allo stato di avanzamento relativo alla trattazione dei diversi affari in corso, sia alle condizioni di ordinamento dell'archivio.
Dalla interrelazione esistente tra i quattro elementi basilari che lo compongono (numero progressivo, estremi cronologici relativi all'ingresso in memoria, indicazione del soggetto e descrizione dell'oggetto) ne deriva per il protocollo la natura di fede privilegiata e quindi il carattere di giuridicità.
E' lo strumento principale a garanzia tanto dell'Ente quanto del cittadino.